Für die Endrunde der Rugby-Union-Weltmeisterschaft 1999, die im Oktober und November in Wales ausgetragen wurde, waren nur die drei Erstplatzierten der Weltmeisterschaft 1995 und der Gastgeber automatisch startberechtigt. Die restlichen 16 verfügbaren Plätze im Turnier wurden durch die Gewinner von regionalen Qualifikationsturnieren besetzt.
Die Qualifikationsturniere waren in fünf Kontinentalgruppen eingeteilt. Es beteiligten sich insgesamt 65 Mannschaften, davon 9 aus Afrika, 11 aus Amerika, 8 aus Asien, 30 aus Europa und 7 aus Ozeanien.
Afrika hatte einen festen Startplatz für die Endrunde zur Verfügung. Darüber hinaus bestand für eine zweite Mannschaft die Möglichkeit, sich über eine Barrage zu qualifizieren. In den Gruppenphasen gab es drei Punkte für einen Sieg, zwei für ein Unentschieden und einen bei einer Niederlage; es wurden keine Bonuspunkte vergeben.
Namibia qualifizierte sich als Afrika 1 direkt für die WM-Endrunde. Marokko rückte in die Barrage-Runde vor und spielte als Afrika 2 gegen den Sieger aus dem Spiel zwischen Europa 8 und Amerika 4 um den Einzug in die Endrunde.
Nord- und Südamerika hatten zusammen drei feste Startplätze für die Endrunde zur Verfügung. Darüber hinaus bestand für eine vierte Mannschaft die Möglichkeit, sich über eine Barrage zu qualifizieren. In den Gruppenphasen gab es drei Punkte für einen Sieg, zwei für ein Unentschieden und einen bei einer Niederlage; es wurden keine Bonuspunkte vergeben.
Argentinien qualifizierte sich als Amerika 1, Kanada als Amerika 2 und die USA als Amerika 3 direkt für die WM-Endrunde. Uruguay rückte in die Barrage-Runde vor und spielte als Amerika 4 gegen Europa 8. Der Sieger dieses Spiels spielte anschließend gegen Afrika 2 um den Einzug in die Endrunde.
Asien hatte einen festen Startplatz für die Endrunde zur Verfügung. Darüber hinaus bestand für eine zweite Mannschaft die Möglichkeit, sich über eine Barrage zu qualifizieren. In den Gruppenphasen gab es drei Punkte für einen Sieg, zwei für ein Unentschieden und einen bei einer Niederlage; es werden keine Bonuspunkte vergeben.
Japan qualifizierte sich als Asien 1 direkt für die WM-Endrunde. Südkorea spielte als Asien 2 in einer Barrage gegen Europa 9 in der Halbfinale um den Einzug in die Endrunde.
Europa hatte sechs feste Startplätze für die Endrunde zur Verfügung. Darüber hinaus bestand für noch zwei Mannschaften die Möglichkeit, sich über eine Barrage zu qualifizieren. In den Gruppenphasen gab es drei Punkte für einen Sieg, zwei für ein Unentschieden und einen bei einer Niederlage; es wurden keine Bonuspunkte vergeben.
Ozeanien hatte drei feste Startplätze für die Endrunde zur Verfügung. Darüber hinaus bestand für eine vierte Mannschaft die Möglichkeit, sich über eine Barrage zu qualifizieren. In den Gruppenphasen gab es drei Punkte für einen Sieg, zwei für ein Unentschieden und einen bei einer Niederlage; es wurden keine Bonuspunkte vergeben.
Australien qualifizierte sich als Ozeanien 1, Fidschi als Ozeanien 2 und Samoa als Ozeanien 3 direkt für die WM-Endrunde. Tonga rückte in die Barrage-Runde vor und spielte als Ozeanien 4 gegen Europa 7 in der Halbfinale um den Einzug in die Endrunde.